리눅스 시스템의 디렉토리 구조는 전체적으로 역 트리 구조를 하고 있으며, 명령어의 종류와 사용 권한 등에 따라 각각의 디렉토리로 구분되어 집니다. FHS라는 표준을 통해 대부분의 리눅스 배포판이 이러한 기본 구조를 갖는다. (FHS는 리눅스 재단에 의해 유지되고 있음)